打赢了小明后的真嗣经过几天的旅行，此时来到了森林中的一座神奇宝贝中心，来到这的真嗣就放出了所有的精灵，来进行特训······
“雷丘，十万伏特，哥达鸭，水炮，哈克龙，龙之波动，风速狗，喷射火焰，椰蛋树，叶风暴，化石翼龙，尽量闪避。”真嗣嚷道。
空气中弥漫着淡淡的气息。
“化石~”
化石翼龙听到后就不断的避开大家的技能攻去，但毕竟化石翼龙早就沉睡了几千年，身体还没恢复过来，反应还是很迟钝，避开了第一下的攻去，但没避开第二次的攻击，还是被打中了，真嗣见此也就只能留在这里几天，为化石翼龙训练反应。
几天后——
“回来吧，化石翼龙。”真嗣嚷道。
经过几天的训练，化石翼龙的身体早就恢复的差不多了，这次真嗣训练完后就把化石翼龙和其他精灵都收了回到，见天色已经很晚了，就决定回到神奇宝贝中心好好休息一晚，明天再准备继续旅行。
神奇宝贝中心——
“道馆，我的椰蛋树交给你了！”真嗣对着电话里的雷嗣说道。
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“好的，没问题，我会好好照顾椰蛋树的。”大哥雷嗣笑着道。
······
就在真嗣准备回房中休息时，一声熟悉的出现了·······
“妙蛙种子的身体十分不舒服，请问他是不是生病了？”
真嗣转过身子来果然发现了小智三人。
“此该不会是······”乔伊小姐盯着妙蛙种子说道。
“连自己的精灵要进化都不明白，这就是你所谓的对精灵的爱吗.”真嗣嘲笑着道。
“真嗣？你怎么会在这？”小刚问道。
“你这种人有甚么资格说我对精灵的爱不够啊？”小智看见真嗣愤怒的嚷道，但转眼一想真嗣的话，吃惊道：“你是说我的妙蛙种子要进化吗？”
“哼！”
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“对啊，妙蛙种子这样的确是出现进化的征兆啊！”乔伊小姐恍然大悟道。
“妙蛙种子进化后可以进化成妙蛙草。”小霞抱着波克比开口说道。
“那么我的妙蛙种子甚么时候会进化啊？”小智满脸期待的问着乔伊。
“你先等一下。”乔伊小姐开口说道。
乔伊小姐说着就把小智一行人带到窗户旁边来看外面开满鲜花的草地，之后乔伊小姐对大家解说了有关于妙蛙种子不思议花园的传说。
接着大家也都各自回房休息了，但在半夜时，真嗣就被小智的惨叫声吓醒了，真嗣知道小智会发现妙蛙种子不见掉，紧接着去寻找，真嗣也穿上了衣服，跟着小智三人后面，去寻找不思议花园了。
不思议花园——
“好棒啊！”小智看着坡下一大片妙蛙种子说道。
······
之后，随着妙蛙花的一声吼叫，于是的妙蛙种子都跟着叫了起来，背后的草包也都开始发出淡淡的光芒，最后开始全身发出白光，进化成妙蛙草了，但因为小智的妙蛙种子迟迟不肯进化的关系，妙蛙花十分的生气，但小智则挺身而出，为自己的妙蛙种子辩解。
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就在此时，老是爱搅局的火箭队出场了，破坏了妙蛙种子进化的仪式，不过好在除了小智的妙蛙种子外，其他妙蛙种子都在妙蛙花的主持下，进化成为妙蛙草了。
随后在火箭队的热气球下，伸出了一人吸口，小次郎也按下了开关，地上的妙蛙草也渐渐的被洗了起来。
“遭啦，那些家伙！”小智生气的嚷道。
随着妙蛙草被越来越多的被吸起，热气球上的袋子也被装的越来越满，妙蛙花则因为体型的原因没有被吸走，反而还伸出十几根藤编将十几只妙蛙草紧紧的抓住。
“风速狗，烈焰冲击。”
“什么？”
众人都被这声音吃惊道。
站在小智一行人身后不远处的的真嗣总算出手了，不过真嗣的目标不是火箭队，而是妙蛙花。
“花~”
风速狗的全身被火焰包裹着撞上了还在紧紧与火箭队对抗的妙蛙花，妙蛙花被风速狗的烈焰冲击直接命中，在火焰中发出痛苦的参加，妙蛙花也因疼痛而松开了自己抓住的妙蛙草，那十几只妙蛙草也成为了火箭队的猎物了。
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“去吧精灵球。”真嗣抛出精灵球后喊道。
精灵球砸中妙蛙花后，就将他变成一道红光吸入精灵球内，随着精灵球逐渐安静了下来，风速狗就把精灵球一叼，一下就跑回真嗣旁边，递给了真嗣。
真嗣接过精灵球后就开始扫描门妙蛙花，以为妙蛙花还不错的真嗣就把精灵球放回腰间，骑上风速狗后，风速狗即刻就快速的跑走了。
“可恶，真嗣这家伙。”小智盯着真嗣远去的背影后嚷道。
即便没有真嗣的出手，但最后结局还是在妙蛙种子的阳光烈焰中结束了。
······
“真嗣，你这家伙，竟然丢下那些妙蛙草不管。”小智大声对真嗣嚷道。
小智三人解决完事情后就回到了神奇宝贝中心，但一回到神奇宝贝中心就看见正准备立刻的真嗣，小智立刻就气不打一处来，冲了上去和真嗣对峙起来。
“我没必要管那种闲事，我要收服的精灵早就收服好了，我现在要走了。”真嗣冷冷的对小智说道。
······
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之后真嗣就离开了那神奇宝贝中心，继续直接的旅行，而小智三人则留在那里休息了之后也踏上了自己的旅行·····
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